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Reconnu comme le Pokémon le plus féroce de l'histoire, il est l'un des premiers grands Pokemon rares. Tout le monde connaît surtout le début de son histoire. De grands chercheurs réussirent par un moyen inconnu de prélever l'ADN du légendaire Mew, le premier Pokémon le plus rare possible de la série. L'histoire dit que quelques chercheurs auraient trouvés un temple dédié au Pokémon rare Mew et que, là-bas, ils auraient trouvé un fossile de ce Pokémon. Avec ce fossile, ils ont eu l'idée de récréer un Pokémon à partir de ce morceau d'ADN pour faire un pokemon invincible (ou presque). Au bout d'un certain temps, ils réussirent à créer Mewtwo, le Pokémon créé de toute pièce. Giovanni, le grand boss de la team rocket, en fut principalement le créateur pour avoir fourni tout ce qu'il fallait à cette création incroyable. Malheureusement pour lui, le Pokémon sera incontrôlable, mais extrêmement puissant. Grâce à une force psychique dévastatrice, il se libèrera de sa prison de verre, se posant d'horribles questions « qu'est-ce que la mort ? Pourquoi dois-je vivre ? ». Il sera tout de même durant un certain temps le Pokémon de Giovanni, mais celui-ci était bien trop intelligent pour se laisser berner... Il détruira à la suite la base de la team rocket pour s'échapper loin de tout, loin de la stupidité humaine. Son histoire ne s'arrêtera pourtant pas là. Alors que Sacha (le héros le plus connu de l'histoire Pokémon) s'interpose durant son combat contre Mew, Mewtwo reste bouché bée devant son acte étrange. Il lui montre finalement une autre facette des humains, que tous n'étaient pas ingrats et ne voulaient pas faire de lui un Pokémon esclave. Il décide de partir avec les clones créés à partir de ceux des dresseurs présents. Il effacera finalement les souvenirs de toutes les personnes présentes et il s'enfuira avec ces nouveaux amis Pokémon. Voici ainsi la fin du premier film. On ne sait pas réellement combien de temps s'est écoulé entre le premier et le deuxième film, mais nous ne sommes pas loin d'une petite année sûrement (cela se passe durant la période où Sacha se trouve à Johto). Sacha retrouve par hasard Mewtwo sur une île paradisiaque pour Pokémon. Il ne se souvient malgré tout de rien, sauf Giovanni qui le retrouvera finalement. L'histoire est bien moins complexe. La Team rocket tente une nouvelle fois de capturer les Pokémon modifiés ainsi que Mewtwo, en vain grâce à la petite équipe de Sacha et ses amis. Cette fois-ci, le seul changement notable est le fait que Mewtwo n'effacera pas les souvenirs de Sacha, Pierre et Ondine. Il est difficile de percevoir Mewtwo comme un pokemon. Son incommensurable puissance pouvant aisément rivaliser avec un dieu Pokémon comme Kyogre/Groudon ou le virus de l'espace temps Deoxys, ainsi que son existence qui provient de manipulations génétiques laissent perplexe sur ce sujet. De plus, Mewtwo tient plus de l'homme que du Pokémon. On pourrait donc supposer qu'il fut créé à partir des gênes de Mew mais aussi à partir de gênes humains. Que voir à travers ce personnage fabuleux? Mewtwo est donc un énorme mystère. Mi-homme et mi-Pokémon, né hors des lois divines et faisant de lui un être à part comprenant humains comme Pokémon, cherchant à protéger les clones qui le voient comme un sauveur... Pourrait-on alors l'assimiler à une sorte de messie? Mewtwo reste donc l'un des plus fascinants personnages de Pokemon. Qui sait, peut-être auront la joie de le revoir un jour dans un nouveau film.