
Comme dans les autres versions Pokémon, il y a des pokémon trouvables uniquement dans une des deux versions. Voici la liste des pokémons trouvables uniquement dans une des deux versions:
| Pokémon Donjon Mystère Explorateurs du Temps |
| Pokémon | Nom | Type 1 | Type 2 |
| Celebi | |||
| Apitrini | |||
| Pachirisu | - | ||
| Riolu | - | ||
| Lucario |
| Pokémon Donjon Mystère Explorateurs de l'Ombre |
| Pokémon | Nom | Type 1 | Type 2 |
| Mewtwo | - | ||
| Cheniti | - | ||
| Laporeille | - | ||
| Lockpin | - | ||
| Motisma |
