
Comme dans Pokémon donjon Mystère 1, vous n'êtes pas un humain mais, un pokémon. Par contre, dans Pokémon donjon Mystère 2, vous avez un choix plus large sur le pokémon à devenir.
| Pokémon donjon Mystère Explorateurs du Temps et de l'Ombre |
| Pokémon | Image | Mâle | Femelle |
| Bulbizarre | Solo | Serviable | |
| Salamèche | Serviable | Courageux | |
| Carapuce | Lunatique | Audacieux | |
| Pikachu | Courageux | Pressé | |
| Miaouss | Effronté | Décontracté | |
| Germignon | Paisible | Calme | |
| Héricendre | Timide | Paisible | |
| Kaiminus | Enjoué | Effronté | |
| Arcko | Calme | Intrépide | |
| Poussifeu | Intrépide | Spontané | |
| Gobou | Spontané | Solo | |
| Skitty | Pressé | Naïf | |
| Tortipouss | Audacieux | Placide | |
| Ouisticram | Naïf | Espiègle | |
| Tiplouf | Espiègle | Lunatique | |
| Goinfrex | Relax | Enjoué |
