Votre partie débute lors d'une tempête marine, puis, des suites de celle-ci, sur la plage, où votre personnage (ici Riolu), est allongé, inconscient.
Peu après, votre futur partenaire (ici Lixy), tente de surmonter ses peurs et de se rendre à la Guilde Grodoudou afin de devenir un apprenti. Hélas, encore une fois, il prendra peur, renoncera et partira vers la plage sans remarquer Smogo et Nosferapti, qui avaient tout observé et qui décidèrent de le suivre.
Souhaitant observer les Krabby faire des bulles, votre partenaire ne va, hélas, pas en avoir l'occasion car il vous verra dans votre inconscience et son esprit de secouriste ne fera qu'un bond ! Il va aller à votre rencontre, et vous ferez connaissance. Il découvrira que vous êtes totalement amnésique, si ce n'est que vous vous rappeliez avoir été un humain ainsi que votre nom, que vous devrez indiquer. Attention, si vous donnez un surnom à votre personnage, vous ne pourrez plus le modifier durant tout le jeu !
Malheureusement, ce moment d'émotion ne durera pas puisque les deux gredins Smogo et Nosferapti, qui avaient suivi votre partenaire jusqu'à la plage, vont lui dérober son fragment de relique, un trésor qu'il gardait précieusement, avant de s'enfuir dans la Grotte Littorale. Votre futur partenaire vous demandera si vous accepteriez ou non de l'aider, et vous voilà partis pour votre première exploration ! Note : Lorsque vous aurez à répondre à une question, sachez que peu importe ce que vous répondrez, cela n'influencera pas l'histoire.
Terminez la Grotte Littorale, qui ne devrait normalement pas vous poser de problèmes. Au fond de celle-ci, les deux bandits vous attendront, et vous devrez les affronter pour récupérer le fragment de relique. Ce sont les boss les plus faciles du jeu, et après les avoir battu, ils s'enfuiront, sans oublier de vous redonner le trésor de votre partenaire.